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宝鸡市疾控制中心内设传染病防制科（病媒生物监测与消毒科）、免疫规划科、结核病艾滋病防制科、健康教育与地方病防制科、慢性病防制科、食品环境学校卫生科、职业卫生科（预防保健门诊部）、检验科、办公室（党委办）、业务管理科（应急办）、总务科、财务科等12个科室。主要承担全市：（1）传染病、寄生虫病、地方病、慢性非传染性疾病等预防控制；（2）突发公共卫生事件和灾害疫情应急处置；（3）疫情及健康相关因素信息管理，开展疾病监测，收集、报告、分析和评价疾病与健康危害因素等公共卫生信息；（4）健康危害因素监测与干预，开展食源性、职业性、放射性、环境性等疾病的监测评价和流行病学调查，开展公众健康和营养状况监测与评价，提出干预策略与措施；（5）疾病病原生物检测、鉴定和物理、化学因子检测、评价；（6）健康教育与健康促进，对公众进行健康指导和不良健康行为干预；（7）疾病预防控制技术管理与应用研究指导等职责任务。 中心实验室配有气相色谱－质谱联用仪、电感藕合等离子体发射光谱－质谱仪、原子吸收分光光度仪、高效液相色谱仪、气相色谱仪、脉冲场凝胶电泳仪、全自动微生物分析鉴定仪、实时荧光定量PCR仪等先进仪器设备100多台（件），建成艾滋病实验室、流感病毒网络实验室和净化实验室等300多平方米。目前中心能够开展肠道、呼吸道、人畜共患传染病、细菌、病毒、生物材料中金属元素测定以及食品、生活饮用水等检验检测项目200多个。
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